A estrutura organizacional da Anpae é o conjunto dos órgãos que a compõe institucionalmente: assembléia geral, conselhos superiores (Conselho Deliberativo e Conselho Fiscal), presidência, vice-presidências regionais e seções estaduais. Nos estados onde não existe seção estadual são instaladas coordenações que objetivam dinamizar a entidade local e preparar a implantação da seção estadual. A Anpae é composta também de Diretorias Funcionais, vinculadas à presidência, que são responsáveis pelo desenvolvimento de projetos/metas específicas. Juntamente com o último ex-presidente, a presidência, vice-presidências regionais e seções estaduais formam O Conselho Deliberativo da entidade.


Assembléia Geral

A Assembléia Geral é o órgão máximo e superior da Anpae, devido ser:
I - Constituída pela totalidade dos associados;
II - Representativa da natureza associativa da ANPAE;
III - Representativa das finalidades e objetivos da Associação;
IV - Síntese do processo de mobilização associativa e do projeto coletivo de ação da ANPAE, nas suas áreas próprias.

São algumas das funções da Assembléia Geral:
I - Aprovar o Estatuto e o Regulamento Geral da ANPAE;
II.- Eleger o Presidente e o Vice-Presidente da ANPAE e os Conselheiros e Suplentes do Conselho Fiscal, em processo eleitoral direto e ou por correspondência postal e ou eletrônica;


Conselho Deliberativo

O Conselho Deliberativo se define como órgão colegiado superior e representativo, submetido à Assembléia Geral, preponderantemente eleito, seja por esta Assembléia como pelas Seções Estaduais, com competência deliberativa e decisória no âmbito geral da Associação.

O Conselho Deliberativo é integrado pelos seguintes membros:
I - Presidente da ANPAE;
II - Vice-Presidente da ANPAE;
III - Sócio que exerceu a Presidência da ANPAE, na gestão anterior ao atual titular;
IV - 5 (cinco) Vice-Presidentes Regionais;
V - Os Diretores Funcionais;
VI - Os Diretores de Seções Estaduais.

São algumas das funções do Conselho Deliberativo:
I - Regulamentar o Estatuto da ANPAE ;
II - Zelar pelo cumprimento do Estatuto, do Regulamento Geral, dos Regimentos, Resoluções específicas da Associação;
III - Aprovar orçamentos, planos, programas e projetos de ação propostos pela Presidência, de acordo com as diretrizes da Assembléia Geral;
IV - Reconhecer as Seções Estaduais da ANPAE, homologando seus Regimentos;
V - Fixar, cada ano, o valor das anuidades para os sócios individuais e institucionais, prevendo incentivos e dispondo um cronograma de recolhimento das contribuições dos sócios;
VI - Regulamentar o sistema eleitoral da ANPAE e os processos de deliberação da Associação.


Conselho Fiscal

O Conselho Fiscal é o órgão colegiado superior de acompanhamento, verificação e avaliação permanentes do desempenho financeiro da Presidência da ANPAE.O Conselho Fiscal se compõe de 3 (três) Conselheiros eleitos pela mesma Assembléia Geral que elege a Presidência da ANPAE. Compete ao Conselho Fiscal:
I - Acompanhar, permanentemente, o desempenho financeiro da Presidência da Associação;
II -Emitir pareceres sobre o uso e emprego dos bens e recursos e seu registro contábil;
III - Informar ao Conselho Deliberativo e à Assembléia Geral sobre as contas da Associação


Presidência

A Presidência da ANPAE é o órgão superior de sua administração, respondendo pela Associação e representando-a oficialmente.
A Presidência é constituída por:
I - Presidente, eleito pela Assembléia Geral;
II - Vice-Presidente, eleito pela Assembléia Geral;
III - Diretor Executivo, escolhido e nomeado pelo Presidente;
IV - Diretores Funcionais, escolhidos e nomeados pelo Presidente, com a aprovação do Conselho Deliberativo;
V - Coordenadores de Grupos de Trabalho, escolhidos pelos membros do grupo e nomeados pelo Presidente.

Vice-Presidências Regionais

As Vice-Presidências Regionais são um mecanismo institucional de descentralização e de representação da ANPAE em todas as Regiões do País. Os Vice-Presidentes Regionais e seus respectivos adjuntos são eleitos pelo voto dos sócios da Região.


Seções Estaduais

Seção Estadual é o órgão que congrega todos os sócios da ANPAE, em cada Unidade da Federação, como base do processo associativo. As Seções Estaduais são regidas pelo Estatuto e Regulamento Geral da ANPAE e regulamentadas por regimento próprio. As Diretorias das Seções Estaduais são eleitas pelos sócios.